Seis meses após os eventos de Slendytubbies: Tubbie Land, Guardião agora enfrentará o avanço do exército de recém-nascidos enquanto luta para manter a própria sanidade. Ele e os militares terão o enorme desafio de salvar a sociedade dos Tubbies da grande catástrofe que está infectando e destruindo as terras, já a T.W.S tentará parar a infecção do seu próprio jeito, ainda lutando para que todos os seus experimentos macabros não sejam expostos para o resto do mundo. Guardião conseguirá? Ou vai sucumbir perante sua mente perturbada? Qual será o destino do mundo?