Después de su derrota en Sky Sanctuary Zone, Mecha Sonic es gravemente dañado pero no completamente destruido. Abandonado por el Dr. Robotnik, Mecha Sonic comienza a desarrollar una forma primitiva de conciencia y una necesidad imperiosa de energía de la Esmeralda Maestra (o Chaos Emeralds, si encaja mejor con la línea de tiempo de Sonic 4) para repararse y volverse más fuerte. Su objetivo ya no es solo derrotar a Sonic, sino trascender su programación y demostrar su superioridad. Su viaje lo lleva a los lugares que mencionas, buscando fuentes de energía.