El 23 de Julio de 1998, un tren propiedad de la compañía farmacéutica Umbrella, el Ecliptic Express, es atacado por un enjambre de sanguijuelas mientras un joven misterioso observa desde una ladera. Dos horas después, el Equipo Bravo de los S.T.A.R.S. la cual es una unidad táctica del Departamento de Policias de Raccoon City, es enviáda a investigar una serie de asesinatos caníbales en las Montañas Arklay a las afueras de la ciudad sín saber de sus terribles destinos. La oficial Rebecca Chambers del Equipo Bravo se encuentra con el Ecliptic Express, ahora inmóvil. Comienza a investigar pero solo se adentraría a un compléto infierno.

Cuando se confirma el rumor de que un joven proveniente de la Aldea de Hatelia se hizo con el poder de la Espada Maestra, el reino de Hyrule entra en estado de alarma ante la inminente llegada de la maldad en su más grande expresión.