Velma costumava dizer que um bom mistério sempre tinha um pouco de perigo. Mas, o que eles não sabiam é que, quando um serial killer chamado de Demônio Negro chega em Baía Cristal, uma tempestade se recairia pela cidade. Com as mortes, pistas chegam as mãos da Mistério SA, assinadas por um misterioso "Senhor E" e revelando um padrão: nenhuma morte é aleatória. Todos são culpados. Numa corrida contra o relógio, Fred, Daphne, Velma, Salsicha e Scooby vão ter que resolver o mistério e parar as mortes, antes que seja tarde demais. Mas, antes de salvar a cidade, eles têm que salvar a si mesmos. Daphne × Fred