Después de su derrota en Sky Sanctuary Zone, Mecha Sonic es gravemente dañado pero no completamente destruido. Abandonado por el Dr. Robotnik, Mecha Sonic comienza a desarrollar una forma primitiva de conciencia y una necesidad imperiosa de energía de la Esmeralda Maestra (o Chaos Emeralds, si encaja mejor con la línea de tiempo de Sonic 4) para repararse y volverse más fuerte. Su objetivo ya no es solo derrotar a Sonic, sino trascender su programación y demostrar su superioridad. Su viaje lo lleva a los lugares que mencionas, buscando fuentes de energía.

14 meses después de la primera aparición de nuestro hombre de acero, la Tierra ha comenzado a adaptarse a la presencia de un protector todopoderoso. Clark Kent ha cimentado su lugar en el Daily Planet, sus días divididos entre reportajes que buscan la verdad y los cielos donde defiende la justicia. Pero la tranquilidad es siempre efímera para el último hijo de Krypton. Desde las profundidades del espacio, una amenaza inimaginable resurge: el General Zod, Ursa y Non han escapado de la Zona Fantasma, hambrientos de venganza y decididos a transformar la Tierra en un nuevo Krypton, sin importar el costo humano. Mientras Superman se enfrenta a la brutal fuerza de sus congéneres, la humanidad se ve envuelta en un conflicto que pone a prueba su fe en el héroe. Y como si la amenaza extraterrestre no fuera suficiente, desde las sombras emerge una mente brillante y retorcida: Lex Luthor. Obsesionado con erradicar a Superman, Luthor desata a Metallo, un arma de Kryptonita viviente, capaz de debilitar y anular los poderes del Hombre de Acero, poniendo en jaque no solo la vida de Lois Lane, sino la existencia misma de Superman.