Peter Parker próbuje poskładać swoje życie na nowo jako samotny student biochemii, ukrywając przed światem bolesną przeszłość. Przekonany, że dla bezpieczeństwa bliskich musi na zawsze pozostać sam, nie spodziewa się, jak wiele zmieni jedno spotkanie. Na jego drodze staje Gwen Stacy, niezwykle inteligentną, tajemniczą dziewczynę o ciętym, ironicznym poczuciu humoru, która swoim dystansem do świata i silnym charakterem celowo przypomina mu utraconą MJ. Podczas gdy między Peterem a Gwen na uniwersytecie rodzi się skomplikowane, pełne napięcia uczucie, naukowa rywalizacja z Cindy Moon przybiera na sile. Nocny Nowy Jork staje się jednak polem bitwy. Samotny Spider-Man musi stawić czoła mrocznemu Martinowi Li, a jego sytuację drastycznie komplikuje bezczelna, nocna złodziejka Black Cat, która zaczyna wciągać go w niebezpieczną grę. Pod wpływem dziwnych anomalii, dawnego dotyku magii u Neda oraz obecności telepatki Jean Grey, wymazana pamięć MJ zaczyna powoli pękać... a w mroku laboratoriów czai się coś, co zmieni życie Gwen na zawsze.