30 años en el futuro luego del final de Arc-V se empiezan a desvelar las consecuencias de haberse combinado las 4 dimensiones, y, con ello, las líneas temporales. Esta es una historia de como al mundo le cuesta readaptarse al nuevo orden.
En una ciudad de Japón, conocida como Blue Sky City. Vive un chico de cabellos Grises llamado Yuu Asai, que sueña convertirse en un gran duelista reconocido y para lograrlo debe entrar a la prestigiosa "Academia de Duelos Gx". Sin embargo, una mañana sin que él lo sepa, recibirá un deck extraño que cambiará su vida pa...