pasando a los hechos de que el cientifico habia muerto, Prototype tomara venganza para enfrentar por ultima vez a King of Dark, pero nuevas amenazas vendrán y nuevas respuestas obtendra.

Un cientifico intentara curar al mundo pero crea otra cosa que no servia de nada para la humanidad y tenia forma humana, y esta es la historia de Prototype y su creacion