Hyrule ha sido arrasado por Ganondorf. Los Zora y los Goron han sido exterminados por el, y la esperanza es algo tan escaso como la felicidad. Veinte años después de que Ganondorf llegase al trono, Midna y Link viven marginados en el Bosque de Farore. Pero un día, serán encontrados por una mujer que les abrirá las puertas de lo que más ansian en este mundo: La Venganza

Dieciséis años después de la liberación de Hyrule del yugo de Zant y de la trágica muerte de Midna, la hija de la Reina Zelda y Miko, ta,bién llamada Midna en honor a la mujer que salvó Hyrule, deberá enfrentarse no sólo a un formidable enemigo que desea ver Hyrule bajo su control, sino contra su propio pasado, presente y futuro. La diosa Muerte ha comenzado la invasión de Hyrule con un único propósito en mente, que cambiará el destino de Hyrule para siempre. Los dioses cobrarán más poder que nunca, y los mortales tendrán que elegir un bando: Oscuridad o Muerte