Eggman descubrió una piedra poderosa conocida como "Rubí Fantasma" la cual podía generar ilusiones. Gracias a un nuevo aliado suyo e inesperado, formó un ejército imparable de clones de enemigos anteriores a Sonic. El erizo intentó detener al doctor, pero algo salió mal... Ahora, la resistencia intenta recuperar todo Mobius de Eggman, y detenerlo.