Após os Deuses terem sido derrotados pelos os humanos no passado, dois mil anos depois, fartos da prepotencia mortal, que agora se consideram superiores aos humanos, as divindades, resolvem fazer uma revenche, um Segundo Ragnarok na mecânica de torneio, agora será que finalmente os céus terá sua vingança sobre a Terra, e exterminar os humanos? Ou os mortais são de fato superiores aos imortais?

Em um mundo onde tudo é resolvido por duelos, uma força do mal está prestes a surgir, e a Kaiba Corp, que é a maior potência dos duelos a nivel mundial, junto com o grande Conselho dos Duelos selecionam jovens duelistas talentosos com a finalidade de combater essas forças do mal. E salvar o planeta dessas forças do mal.