Satu hari pada abad ke-21, Nobita iaitu seorang pelajar sekolah rendah gagal menyiapkan tugasan sejarah Jepun kuno lalu mencuba merayu kepada Doraemon untuk mencari alat yang boleh membantu dia memahami zaman samurai atau ninja. Doraemon mengeluarkan satu alat lama yang jarang digunakan: "Portal Dimensi Melangkaui Sejarah", sebuah pintu yang membenarkan pengguna menembusi dimensi lain yang selari dengan masa silam. Namun, sewaktu diaktifkan, alat itu mengalami gangguan chakra misteri dan menyedut Doraemon, Nobita, Shizuka, Gian dan Suneo masuk ke dunia yang sama sekali asing atau lebih tepat lagi ialah dunia Shinobi. Mereka terjatuh di pinggir Konoha, diselamatkan oleh Naruto dan Sakura yang sedang menjalankan misi latihan. Pada mulanya, penduduk kampung Daun Tersembunyi hairan dengan kemunculan makhluk biru dari masa depan yang "boleh keluarkan apa saja dari poketnya", tetapi ancaman sebenar mula muncul apabila portal yang rosak menarik perhatian organisasi gelap yang ingin memanfaatkan teknologi Doraemon untuk menguasai dunia ninja. Doraemon dan rakan-rakan perlu bekerjasama dengan Naruto, kawan-kawan Naruto,Hokage dan guru-guru Konoha untuk: ✨ membaiki portal dimensi yang hancur, 🔥 menghalang munculnya rift chakra yang boleh memusnahkan kedua-dua dunia, ⚔️ dan memastikan teknologi abad ke-21 tidak jatuh ke tangan musuh shinobi. Di tengah-tengah kekacauan itu, Nobita mula menyedari betapa sukarnya menjadi seorang ninja, manakala Naruto kagum dengan semangat persahabatan mereka. Dengan keberanian, humor, dan gadget ajaib Doraemon, mereka berusaha mengembalikan keseimbangan antara dua dunia yang tidak sepatutnya bertemu. Namun, satu rahsia besar terbongkar: portal itu bukan sekadar rosak... ia telah dipanggil oleh seseorang dari dunia Shinobi. Dan orang itu sedang menunggu mereka. Dapatkah Doraemon dan kawan-kawannya kembali pada abad ke-21 yang merupakan dimensi asal mereka?