Skye, jeune fille devenue une précieuse expérience pour la Shinra, a réussi à s'échapper de ses bourreaux. Elle tombe alors dans la vieille église ayant appartenue à Aerith, et elle y fera la rencontre de Cloud et ses amis. Skye est cependant toujours traquée par la Shinra et ses Turks... Que découvrira-t-elle sur ses origines et sur ce qui a vraiment été expérimenté en elle ?