Et s'il existait une autre arme ultime? Que cache réellement le conflit contre le Wutai? Il semblerait que des secrets enfouis au fin fond du passé risquent de ressortir. Mais que sait chacun? Que s'est-il réellement passé il y a plus de dix ans ? Personnages principaux : Tseng, Sephiroth, Genesis, Angeal, Rufus, Phoebe (OC), Rufus, Hojo, Cloud, Aerith, Rude, Reno.

Skye, jeune fille devenue une précieuse expérience pour la Shinra, a réussi à s'échapper de ses bourreaux. Elle tombe alors dans la vieille église ayant appartenue à Aerith, et elle y fera la rencontre de Cloud et ses amis. Skye est cependant toujours traquée par la Shinra et ses Turks... Que découvrira-t-elle sur ses origines et sur ce qui a vraiment été expérimenté en elle ?