Od czasu pojawienia się Apologetów na Ziemi mija około dziesięciu lat. W wyniku działań Potworów ludzki świat mierzy się ze skutkami wielu katastrof. Ameryki zostały zniszczone, zaś pozostałe kontynenty pogrążyły się w kryzysach. Wojna wiecznych istot trwa, a bohaterowie muszą również stoczyć walkę ze swoimi osobistymi problemami. Erim i Nagharai próbują, jako władcy świata, dzielić politykę z życiem rodzinnym. Jednak ich relacja zostaje wystawiona na próbę, gdy Afar przechodzi do bezpośrednich działań, doprowadzając do powrotu wspomnień.