En un mundo alterno donde Japón, para evitar el calentamiento global regresó a una era mística, la sociedad se centra alrededor del Ninpou, las artes marciales ninja. En este mundo, Ren Kurokage es escogido para ser Kamen Rider Shinobi, bajo la tutela de Sensei Gamano, usa sus poderes para luchar contra el clan Niji no Hebi en una vendetta personal...