Nausicaa, une biologiste marine tout juste diplômée, part pour ses premières expéditions avec son bateau pour étudier une étrange molécule récemment découverte dans l'eau de mer. Mais dès ses premières nuits sur son bateau, elle fait des rêves plus que perturbants, se retrouvant alors sur un vaisseau Cybertronien, le Nemesis, avec une autre jeune fille qu'elle ne connaît pas... Toutes les deux se retrouvent alors liées à un Cybertronien différent pour des aventures plus que surprenantes.