Le commandant Cody a servit Obi-Wan Kenobi durant toute la guerre des clones. Plus qu'un général, le Jedi est devenu au fil des années et des batailles un allié et ami. Cependant, lorsque le chancelier Palpatine lui demande d'exécuter l'ordre 66, Cody obéit. Bien plus tard, le commandant se rend compte de ce qu'il a fait et commence à éprouver des remords. Pourquoi n'a t-il pas put désobéir à l'Ordre 66 ? Alors que les Jedi sont traqués et exterminés, Cody réalise que lui et ses frères ont été l'instrument d'une machination qui dépasse sa compréhension...