Code Yoneda est une histoire originale mettant en scène une jeune femme japonaise du nom de Yoneda. Elle souhaite entrer dans la légende des renseignements secrets japonais, la célèbre Agence d'investigation de sécurité publique, appelée Kōanchōsa-chō dans son pays. Elle travaillera sur l'espionnage des différentes sectes du monde entier ainsi que des réseaux du crime organisé. Pourra-t-elle démanteler la Kurokumo-kai, en français, la société des nuages noirs ?