Natsuki Subaru, um adolescente comum, conhece uma linda garota de cabelos azuis e olhos vermelhos vinda de outro mundo. Subaru quer ficar ao lado dela, mas o fardo que ela carrega é maior do que Subaru pode imaginar. Eles enfrentam o feroz ataque de monstros chamados 'Anjos', traições, violência irracional... e, por fim, a morte. Subaru promete derrotar qualquer inimigo, qualquer destino, tudo para protegê-la. E assim, ele terá que entrar na NERV para proteger aqueles que ele conheceu e amou, e para isso, ele tem o 'Retorno através da Morte'.