Continuação da história de Fate/Stay Cursed: Amaldiçoado na Guerra do Santo Graal. - Dez anos se passaram desde os eventos devastadores da Quarta Guerra do Santo Graal. Yuji Itadori, agora mais velho e experiente, estabeleceu uma vida tranquila como pai e sensei na Escola Jujutsu, dedicando-se a treinar a nova geração de feiticeiros. No entanto, sua paz é abalada quando a Quinta Guerra do Santo Graal começa a despontar no horizonte, ameaçando reviver os horrores do seu passado. Com o retorno do Cálice Sagrado, uma força corrompida capaz de causar destruição inimaginável, Yuji é forçado a abandonar seu papel como professor para enfrentar seu antigo inimigo: Kotomine Kirei. Agora, ele deve terminar o que começou, enfrentando inimigos poderosos e aliados como Arturia Pendragon para destruir o Cálice de uma vez por todas, antes que ele consuma o mundo, onde destino e sacrifício se entrelaçam em um confronto pelo futuro da humanidade.

Itadori se vê em um mundo semelhante ao seu, mas algo aconteceu, agora ele está em uma guerra, a guerra do Santo Graal. Enquanto Itadori tenta desvendar o que aconteceu em seu mundo, ele terá que lidar com outros inimigos e magos dessa Guerra.