Sonic a toujours été considéré comme le héros de Mobius pour avoir réussi à stopper les plans du Docteur Eggman. Et pourtant, c'est lui qui est aujourd'hui traqué, car suspecté d'avoir dérobé les émeraudes détenues par le GUN en plus d'avoir blessé plusieurs personnes innocentes. Mais pour arrêter la forme de vie la plus rapide au monde, quoi de mieux que la forme de vie ultime ? Toutefois, Shadow n'est pas très heureux à l'idée de devoir arrêter Sonic avec qui il entretient une certaine amitié. En réalité, il souhaite plutôt prouver qu'il est innocent. Une quête qui risque de considérablement changer sa relation avec lui. Mais au final, Sonic est-il réellement celui qui dérobe les émeraudes et si oui, pourquoi ?

Bien des années après sa rupture Sonic retrouve par hasard Shadow qu'il n'avait pas revue depuis leurs séparations. Sauf que les retrouvailles ne se passe pas bien du tout au point ou Sonic blesse gravement Shadow sans le vouloir. A cause de sa Sonic vas devoir rester au chevet de Shadow même si celui si n'aime pas du tout l'idée. Et durant son séjour au côté de son ancien petit ami Sonic vas essayez de se faire pardonner pour se réconcilier avec lui. Mais surtout Sonic vas aussi faire la connaissance du fils de Shadow sans se douter du lien qu'il a avec lui.