Quando um misterioso e poderoso alicórnio chamado Yoshi ressurge em Equestria, o caos se espalha rapidamente. Vilas são destruídas, pôneis desaparecem, e nem mesmo Cloudsdale escapa da fúria sombria desse vilão. Twilight Sparkle e suas amigas percebem que enfrentam algo diferente de tudo que já viram: um inimigo que parece ter vindo de outro mundo. Enquanto isso, no universo de Equestria Girls, o jovem Yoshi vive como um estudante introspectivo da escola da Zela, sem saber que sua existência está diretamente conectada à criatura que ameaça destruir Equestria. Agora, Twilight, Rainbow Dash, Pinkie Pie, Applejack, Rarity e Fluttershy não veem outra saída: elas precisam cruzar os mundos e buscar a versão humana de Yoshi - a única que talvez possa confrontar o monstro que carrega o mesmo nome... e o mesmo rosto.