Hyrule ha sido arrasado por Ganondorf. Los Zora y los Goron han sido exterminados por el, y la esperanza es algo tan escaso como la felicidad. Veinte años después de que Ganondorf llegase al trono, Midna y Link viven marginados en el Bosque de Farore. Pero un día, serán encontrados por una mujer que les abrirá las puertas de lo que más ansian en este mundo: La Venganza