Dans un monde ravagé par un virus d'ordre mondial dont l'origine reste encore inconnue, Alya Martinez, jeune étudiante reporter spécialisée en sciences biochimiques et physiques, tente de trouver un sérum avec l'aide de son fidèle ami et cobaye Arthur Rodriguez. Ami d'enfance d'Alya, Arthur s'est toujours dévoué à lui porter secours ou être son cobaye dans ses expériences, car il est secrètement amoureux d'elle depuis leur première rencontre. Et alors que nos deux amis passent de plus en plus de temps ensemble, cherchant une solution à ce fléau mondial, Arthur se voit partager entre l'accomplissement de leur mission et l'expression de ses sentiments envers d'Alya, risquant de compromettre leurs travaux et peut-être l'avenir du monde...

Japon ère Meiji, Fraîchement diplômé samouraï, Kaito Suzuki n'a pas le temps de jouir de son nouveau titre. Son village et sa famille se font décimer sous ses yeux par ce qu'il pensait être l'impossible. Les ombres. Des entités effroyables et redoutables, nées des ténèbres les plus profondes des terres noires. Leur forme est vaguement humanoïde, mais sans traits distincts, comme si elles étaient faites d'une matière noire et brumeuse. Elles se déplacent silencieusement, leurs mouvements semblant défier les lois de la physique, glissant plutôt que marchant, et s'étirant comme des spectres insaisissables. Nourries par la peur, elles dévorent tout sur leurs passages. Alors qu'il pensait lui aussi sombrer auprès de sa famille, il se fait miraculeusement sauver, ignorant par qui, ignorant comment et surtout, ignorant tout de ce qui allait suivre. Voulant absolument des réponses sur ce qui s'est passé "ce soir-là", il se lance à la recherche de la vérité. Mais comment était-il censé savoir que sa curiosité l'encouragerait à mettre un pied dans sa tombe ? Que le chemin qu'il allait emprunter le conduirait droit vers le responsable de la perte de sa famille ? Que sa soif de vérité le conduirait droit vers une organisation qui cherche elle aussi, à s'en débarrasser, de venir à bout du seigneur des ombres : Akuma no Kaza. "On ne se rend compte de l'importance des choses qu'après les avoir perdues."