Sonic & Shadow, forman parte de una tripulación de piratas, surcando los mares en busca de aventuras, tesoros y peligros de cuáles afrontar, donde se toparan con islas y individuos a quien conocer, topandose con personalidades distintas, pero superarlas

Un año ha pasado desde que los héroes salvaron la ciudad de San Fransokyo y las cosas parecen muy "normales." El amor se siente en el aire y se puede decir que algo más... venganza. *¡¡¡Spoilers!!!*

Ubicado en los eventos de Sonic 3, El Proyecto Shadow lucha con el vacío emocional y la vengaza que le dejo la pérdida de su mejor amiga y casi hermana María Robotnik, hasta que conoce a una joven humana de 14 años llamada María Hernandez aparece en su vida, Al igual que la nieta del científico que lo descubrió, María es valiente, curiosa y creativa, y con una gran fijación en la robotica y tecnología. Mientras Shadow junto con los Robotnik se esfuerzan en completar su venganza hacia la humanidad que les quito a María, el erizo encontrará una nueva esperanza en la nueva María.