Metal Sonic se ha vuelto rebelde, volviéndose contra su creador, el Doctor Eggman. Se ha fusionado con varios robots Sonic más antiguos para convertirse en un nuevo súper robot llamado Metallix. Luego de hacer chocar el Little Planet contra Mobius y exterminar casi toda forma de vida para conseguir las esmeraldas del caos, Shadow hace un movimiento desesperado, usando Chaos Control para teletransportar todas las esmeraldas a un universo alternativo: el mundo de Mario. Ahora las esmeraldas están esparcidas por todo el Reino Champiñón, y ahora, los dos erizos se unen con Mario, Luigi y Yoshi antes de que Metallix pueda recolectarlas para alcanzar la perfección, pero Metallix no será el único que busca las esmeraldas... Esta historia no es mía, es de Mark Haynes/Alvin Earthworm.

Eggman descubrió una piedra poderosa conocida como "Rubí Fantasma" la cual podía generar ilusiones. Gracias a un nuevo aliado suyo e inesperado, formó un ejército imparable de clones de enemigos anteriores a Sonic. El erizo intentó detener al doctor, pero algo salió mal... Ahora, la resistencia intenta recuperar todo Mobius de Eggman, y detenerlo.

Han pasado 3 años luego de la aventura contra Metallix, Sonic volvió a Mobius y Mario siguió con su vida, pero ahora Smithy ha regresado y robó la Vara Estelar , privando al mundo de deseos y apoderándose de todos ellos. Mario y sus amigos, ahora con la ayuda de sus nuevos aliados de Mobius (Más alguien de un universo desconocido), deben viajar por todo el mundo para restaurar el orden. Para lograr esta gran tarea, los héroes deben separarse y liberar los reinos del mundo de la amenaza de la Banda Smithy e inspirar esperanza en los habitantes de los dos mundos. Mientras tanto, Bowser y Eggman reclutan a un nuevo trío de élite usando el poder de los Ztars, con la esperanza de igualar el nuevo poder de Sonic logrado hace poco en las islas Starfall.