Em um futuro sombrio controlado pela poderosa Obsidian Labs, a humanidade corre o risco de ser escravizada por uma inteligência artificial que manipula o tempo e a realidade. Ryuji Takahashi, um jovem que sempre se sentiu insignificante, vê sua vida virar de cabeça para baixo ao descobrir os segredos do Projeto X, um experimento mortal que pode alterar a linha do tempo para sempre. Ao lado de Akira Hoshino, uma garota misteriosa vinda de um futuro distópico, Ryuji começa a desvendar a verdade por trás de uma das maiores ameaças já criadas. Juntos, eles enfrentam Hiroshi Fujimoto, um implacável caçador enviado pela Obsidian Labs, e tentam escapar de um destino que parece inevitável. Mas conforme se aprofundam na realidade distorcida do Projeto X, Ryuji se vê diante de uma decisão impossível: salvar o presente e destruir o futuro, ou sacrificar tudo para impedir que o caos se espalhe. Com o tempo contra ele, Ryuji terá que enfrentar seus próprios medos, as consequências de suas escolhas e descobrir se há uma forma de alterar o futuro sem destruir o que ainda resta do presente.