Forbidden Shadow se déroule dans un univers fantastique divisé entre deux royaumes rivaux. D'un côté, le Royaume d'Evermold, berceau du peuple Céleste, où la magie noire est strictement interdite et où la prestigieuse et richissime famille Akuma cache un immense secret. De l'autre, le Royaume d'Everfree, terre du peuple des Alphas , qui prône une liberté totale et l'usage de la magie noire. ​Au centre de cette rivalité et des mystères, nous suivons la Classe-S de l'Université, composée de dix adolescents de 15 ans aux capacités uniques. Parmi eux, Ren Akuma, un garçon solitaire doté d'une ombre vivante nommée Reme, qui dissimule en lui un sombre héritage de 100 000 pouvoirs de magie noire, ainsi que ses camarades comme Kaito Sato (magie de gravité), Mina Tanaka (super vitesse) et Lumi Yuki (magie des larmes). Entre humour, romance, secrets de famille et drames magiques, ces jeunes doivent apprendre à maîtriser leurs immenses pouvoirs tout en naviguant dans un monde au bord de l'affrontement.