Batman: Sombras do Destino mergulha no lado mais sombrio e investigativo do Cavaleiro das Trevas, quando uma nova ameaça emerge das sombras de Gotham. Tudo começa com uma série de assassinatos brutais, cada um deixando uma marca misteriosa que remete a um antigo culto gótico há muito extinto. Enquanto Batman investiga, ele descobre que esses crimes podem estar ligados a um segredo enterrado no passado de Gotham - um mistério tão antigo quanto a própria cidade. Com a ajuda da Batfamily, incluindo Asa Noturna, Robin (Tim Drake), Batgirl e Oráculo, Bruce Wayne segue pistas que o levam a um submundo de sociedades secretas, enigmas ocultos e uma conspiração que pode redefinir a história da cidade. No entanto, essa investigação também o coloca em rota de colisão com um inimigo inesperado: alguém que conhece seus segredos mais profundos e parece estar sempre um passo à frente.