Dans l'atmosphère compétitive d'un lycée japonais prestigieux, Sakura No Yami suit l'histoire de Hana, une étudiante brillante mais solitaire, et de Ren, un prodige charismatique mais mystérieux. Leur rencontre initiale est marquée par une attraction magnétique, unissant leurs ambitions et leurs rêves sous les cerisiers en fleurs du campus. Leur relation s'épanouit rapidement, offrant un répit face à la pression incessante des examens et des attentes familiales. Cependant, l'équilibre fragile de leur amour commence à se fissurer lorsqu'une série d'événements étranges secoue l'école. Une enquête est lancée suite à la découverte de secrets sombres liés à l'établissement et à ses élèves. Hana et Ren se retrouvent au cœur de cette intrigue, forcés de remettre en question tout ce qu'ils croyaient savoir sur leur environnement et sur l'autre.