Tổ chức WILLE (là tổ chức chống lại NERV và SEELE, do Misato Katsuragi chỉ huy) đang thực hiện chiến dịch US, một chiến dịch nhằm thu hồi Eva Unit-01 cùng với Ikari Shinji - người đã bị mắc kẹt trong buồng lái suốt 14 năm kể từ sự kiện Near Third Impact cuối Evangelion 2.0. Nhưng một sự cố đầy bất ngờ đã xảy ra.