Sepuluh tahun setelah bencana misterius Trauma Echo Incident menghancurkan tatanan Kivotos, dunia masih terbelenggu oleh gema yang belum terjawab. Murid-murid dan robot penjaga yang terkontaminasi oleh Echo berubah menjadi ancaman: Echo Drifters dan Echo Corrupted, memicu kekacauan dan kehancuran. Dalam bayang trauma, segelintir murid penyintas membentuk Avalon Intelligence Academy-pusat investigasi dan harapan baru-dengan dukungan dari Badan Pengawasan Independen yang kini dipimpin oleh Arona setelah menghilangnya Presiden GSC. Namun, konflik ideologis mengoyak sisa solidaritas. Tiga faksi besar yang dipimpin oleh mantan General Student Council-Rin, Aoi, dan Kaya-berdiri dengan pandangan yang bertolak belakang tentang masa depan Echo. Di tengah dunia yang retak, muncul seorang murid baru: Ishizaka Mio, dingin dan analitis, namun diam-diam peduli pada mereka yang tersisa. Melalui matanya, misteri Echo mulai terbuka, dan perjuangan untuk memahami-bukan hanya bertahan-membentuk inti dari kisah Resurge.

Setelah mengalahkan Antares, Raja Para Naga, Sung Jin-Woo diberikan pilihan oleh Rulers-menciptakan dunia baru atau memasuki dunia asing dan beradaptasi dengan hukum yang berbeda. Tanpa ragu, ia memilih tantangan. Kini, Jin-Woo mendapati dirinya di Kivotos, sebuah kota akademi yang dipenuhi siswi bersenjata, kendaraan tempur yang melintas tanpa hambatan, dan makhluk antropomorfik yang mengisi kehidupan sehari-hari. Sebagai satu-satunya pria manusia normal di dunia ini, Jin-Woo harus beradaptasi. Keputusan awalnya? Menjadi Sensei. Namun, Kivotos bukanlah tempat yang damai. Dari Abydos High School, akademi yang terancam punah, hingga rahasia besar yang bersembunyi di balik sistem dunia ini-Jin-Woo segera menyadari bahwa perannya sebagai Sensei jauh lebih berbahaya daripada sekadar membimbing para murid. Ketika Kivotos mulai berguncang dan bayangan ancaman mengintai, hanya satu hal yang pasti: Shadow Monarch telah tiba.