Ang Mutya ng Section E ay sumusunod sa paglalakbay ni Mutya, isang matalino at masigasig na kabataang babae mula sa Section E, isang klase na madalas hindi binibigyang pansin ng iba. Sa kabila ng mga pagsubok at mga inaasahang inilalagay sa kanya, ipinapakita ni Mutya ang kanyang katalinuhan, katatagan, at determinasyon upang magtagumpay hindi lamang sa akademiko kundi pati na rin sa kanyang personal na paglago at mga relasyon. Habang tinatahak niya ang buhay ng isang mag-aaral sa hayskul, nakakaranas siya ng mga isyu tulad ng pagkakaibigan, problema sa pamilya, pagdududa sa sarili, unang pag-ibig, at ang tensyon ng pagiging totoo sa sarili at pagsunod sa mga inaasahan ng iba.

Ang kwento ay madalas na nagaganap sa mga marangyang lugar tulad ng mga malalaking mansyon, mga opisina sa mataas na gusali, at mga gala o eksklusibong pagtitipon. Makikita ang luhang ng mga makabagong lugar na pinagmumulan ng mga tensyon sa pagitan ng mga karakter. Ang mga kontradiksyon sa pagitan ng yaman at emosyon ay siyang nagpapakita ng malupit na laban sa loob ng bawat relasyon.

Ang mga paglalarawan sa The Mysterious Boy in Room 13 ay nagpapakita ng mga elemento ng misteryo, supernatural na kaganapan, at ang unti-unting pag-unawa ni Samantha sa madilim na bahagi ng Kuwarto 13. Ang kwento ay puno ng mga katanungan, pagsubok, at mga hindi inaasahang twist na magdadala ng mga karakter sa isang hindi malilimutang paglalakbay sa paghahanap ng mga kasagutan.