Sonic busca su propia identidad en Equestria con su nuevo mejor amigo, un poni terrestre llamado Hitch Trailblazer. Pronto se embarcaran en un viaje alrededor de Equestria para restaurar la magia a todos los ponis... si es que pueden sobrevivir.

Tras establecerse en Bahía Yeguamar, Sonic se siente listo para demostrar que es un héroe. Cuando Sprout regresa, esta vez con su nuevo compañero, Knuckles, Sonic une fuerzas con Tails y juntos corren contra el tiempo antes de que Sprout domine Equestria.

Knuckles acepta entrenar a Izzy como su protegida y enseñarle los métodos del guerrero equidna. Al mismo tiempo, un seguidor de Sprout le dará caza, mientras que el propio Knuckles intentará buscar su lugar en Equestria.

Sonic, Knuckles y Tails se reúnen para enfrentarse a un nuevo y poderoso adversario, Shadow, un misterioso villano cuyos poderes no se parecen a nada de lo que nuestros héroes han conocido hasta ahora. Con sus facultades superadas en todos los sentidos, el Equipo Sonic tendrá que establecer una insólita alianza con la esperanza de detener a Shadow y proteger el planeta.