En 1947, un monstruo gigante llamado "Godzilla" aparece en las costas de Japón y en la ciudad de Ginza, siendo asesinado tras un equipo de civiles formarán un plan, tras eso en 1954 aparecen varios Godzillas más en Tokio, causando destrucción masiva, un gran científico llamado Daisuke Serizawa usaría su arma más poderosa "destructor de oxígeno" para matar a los Godzillas. Muchos años después en el 2028, el mundo era totalmente distinto al de la primera mitad del siglo XX, después de 1954 el aumento de kaijus en el planeta aumentaría considerablemente, esto obligó a la Organización de las Uniones Unidas a crear a la UNKCC, Estados Unidos y Japón en conjunto no se quedaría atrás creando a Monarca. Un descubrimiento en una cueva relevará una profecía sobre cambios en la jerarquía actual de la tierra, cambios que podrían amenazar la existencia de la humanidad tal cuál cómo se conoce.