El mundo tendrá que adaptarse a un nuevo luego de que la criatura llamada Godzilla fue relevada, ahora el doctor Serizawa tendrá que hacerse cargo del caso, en su camino lidiar con las catástrofes. Por otro lado un desastre ambiental es causado por experimentos fallidos y tendrán que encontrar una cura.

Setenta años luego de la misteriosa explosión nuclear de 1954, un grupo de investigadores entre el doctor Serizawa y el doctor Benjamin descubren una anomalía que llevaba dormida en el océano que regresa a la superficie, la criatura es un misterio y una leyenda en el mundo, mientras que otros problemas en la ciudad ocurren, por qué algo de otro mundo despierta para poder enfrentarse al rey de los mounstros