Ano ang mangyayari kung si Andres Bonifacio ay hindi namatay sa Maragondon-kung sa halip ay nagising siya sa makabagong Maynila, sa panahong ang kanyang mga panata ay naging pahina na lamang sa kasaysayan? Kasama si Oryang, muling haharapin ni Bonifacio ang bansang minsan niyang ipinaglaban-isang bayan na malaya sa anyo, ngunit bihag sa pagkalimot. Habang ginagalugad nila ang mga kalsada ng lungsod, ang mga pader ng Museo ni Bonifacio sa Pugad Lawin, at ang mga alaala ng rebolusyon, unti-unting lumilitaw ang tanong: Nasaan na ang diwa ng Katipunan sa puso ng bagong henerasyon?

Sa gitna ng amoy-usok na umaga ng Sta. Mesa at siksikang biyahe araw-araw, isang iskolar ng bayan ang nagsusumikap makapagtapos para sa pamilya. Gutom, kakarampot na baon, at sirang pasilidad ng paaralan ang kanyang araw-araw na laban. Ngunit isang poster ng rally ang magbubukas ng mga tanong na hindi na niya kayang balewalain: Bakit tila kalakal ang edukasyon? Bakit manahimik kung may mali? Mula sa jeep at tren hanggang sa kalsadang puno ng sigaw, dahan-dahan niyang matutuklasan ang lakas ng pagkakaisa at tapang ng kabataan. Bunga ng Panaghoy ay isang makabagbag-damdaming kuwento ng pag-ibig sa bayan, pakikibaka, at paninindigan-isang paalala na mas mahalaga ang lumaban kaysa mabuhay nang tahimik.