Ich bin Arceus. Schöpfer der Welt und stärkstes aller bekannten Pokémon. Doch in meiner Welt hat sich ein Problem aufgetan. Eine Bedrohung, wie ich sie noch nie erlebt habe, so mächtig, dass ich nichts gegen sie ausrichten kann. Nur eine Gruppe aus 5 Menschlein kann mit ihrer tiefen Bindung zu ihren Pokémon die Zerstörung zweier Welten aufhalten. Doch dafür müssen sie viele Risiken eingehen und auch große Verluste erleiden... Conan ist ein normaler Schüler einer normalen Schule. Das einzige, was ihn von seinen Mitschülern unterscheidet, ist sein massives Wissen über Pokémon. Doch auf einmal geschehen seltsame Dinge in seiner Umgebung, sogar eine seiner Mitschülerinnen verschwindet plötzlich und schon bald findet sich Conan in der Welt der Pokémon wieder. Doch anstatt es genießen zu können, muss er sich gleich um das Wohlergehen der beiden Welten kümmern, da ein böses Team versucht, Giratina zu erwecken und die Welten zu zerstören.