Quand un éclair rouge fend le ciel, Sonic découvre Shadow, tombé du ciel et grièvement blessé. Privé de son pouvoir du Chaos et poursuivi par une force inconnue, il devient le centre d'un mystère qui dépasse tout ce qu'ils ont affronté. Ensemble, Sonic et Shadow devront affronter la tempête... avant qu'elle ne brise le monde.