Dans le monde de "Godzilla ~ Extermination", Godzilla va devoir faire face à un Hakai-shin, un kaiju pas comme les autres...

Dans un monde ravagé par des créatures étranges, la vie s'épuise petit à petit. La race humaine n'est plus qu'un petit nombre et les survivants ont appris à vivre sous un nouveau jour. Mais les créatures sont là pour rappeler que la planète Terre n'appartient plus aux humains. Heureusement, il existe de valeureux soldats qui seront là pour essayer de renverser la situation.

Blake est la fille de Ford Brody. Elle est parti étudier au Japon les risques liés aux catastrophes naturelles. Quand des secousses plus grandes que l'échelle de Richter sont enregistré. Ces secousses sont aussi énorme que celle qui a détruit la centrale nucléaire en 1999. Blake reussit à prouver que ces deux séismes sont rélié. Elle se retrouve au milieu d'une histoire milénaire qui risque de détruire des vies. Elle se retrouve aidé de Tyler Hunt, un jeune dresseur venant du Texas. Ensemble ils vont oeuvrer pour retrouver leur famille afin de les mettre à l'abri de tout danger mais comment faire quand on se trouve à des miliers de kilomètres de sa famille et face à des catastrophes naturelles créer par un Titan vivant depuis des millénaires et même bien avant ? Seuls les personnages de Blake et Tyler m'appartiennent les autres viennent de la saga Godzilla.

Dans un monde en proie à des conflits entre humains et créatures titanesques, une force mystérieuse se réveille. Alors que des sorciers puissants et des monstres géants menacent de détruire tout sur leur passage, l'équilibre fragile de la planète est en danger. Des alliances inattendues se forment, des batailles épiques se déroulent, et un combat pour la survie de la Terre s'engage.

Depuis plusieurs années de plus en plus de kaiju sont apparu. Godzilla ne pouvent pas tous les tués en même temps, les humains se sont dit que la meilleure solution pour survivre est de partir de la Terre et trouver une autre planète plus sûre. Comme il n'y avait plus d'humains, le nombre de kaiju à décuplé car Godzilla n'avait plus besoin de protéger les humains donc il reste à dormir au fond de l'océan laissant le chant libre aux monstres à la surface. 100 ans après que les hommes ont quitté la Terre, les kaiju sont devenus trop nombreux et ont perturbé le sommeil de Godzilla qui remonta à la surface et voyant le nombre de kaiju il eu une idée : tuer le plus de kaiju possible !