Kota Shinjuku Saka memiliki sebuah sekolah tua bernama Sekolah Menengah Atas Hikari yang berdiri sejak tahun 1975. Di lantai tiga gedung utama, ada kelas yang selalu terkunci - Kelas 3-B. Cerita menyebar bahwa tahun 2000, seorang siswa bernama Kaito menghilang tanpa jejak di dalam kelas itu, dan sejak saat itu pintunya tidak pernah dibuka lagi. Pada hari Jumat malam, lima siswa klub penelitian misteri sekolah berkumpul di halaman sekolah: - Yoruichi Sora (ketua klub, cerdas dan teliti) - Takeshi Haruki (anggota, ahli dalam teknologi dan jejak digital) - Aoki Chikara (anggota, ahli sejarah sekolah dan arsitektur) - Yozora Aika (anggota, ahli dalam bahasa dan simbol) - Hayakaze Rina (anggota, ahli dalam kimia dan bukti fisik) Mereka mendapatkan surat anonim dengan tulisan: "Kelas 3-B akan terbuka malam ini. Pecahkan tiga teka-teki sebelum jam 00.00, kalau tidak misteri Kaito akan hilang selamanya. Jangan berbicara dengan orang yang mengenakan dasi biru tua."