Od pokonania Kryształowego Władcy minął rok. Można powiedzieć, że Lloyd i Harumi są razem, a więź Kaia i Skylor się pogłębiła - tak jak Nyi i Jaya. Jednak podczas tego roku umiera bardzo bliska osoba Vei - młodszej siostry Lloyda. W mieście zaczyna się szum. Ludzie podejrzewają epidemię, która zmienia ludzi w bezduszne potwory. Strach powoli wypełnia ulice, a zaufanie między mieszkańcami zaczyna znikać. Czy Kryształowy Władca powrócił? Czy ninja dadzą sobie radę, kiedy przeszłość znów da o sobie znać?