Mélis, jeune garçon de quinze ans, va être amené à voyager dans la région d'Unys du jour au lendemain. Il sera accompagné de son ami d'enfance Matis, un garçon ténébreux éprouvant une haine extrême envers la Team Plasma. De son côté, Écho, jeune maladroite originaire de Renouet, se mettra à voyager à travers la région d'Unys afin de mieux se connaître. Mais... Que cache Matis dans sa chambre ? Qui est le père de Mélis ? Où est passée la grande sœur d'Écho ? Que cachent les Pokémon chromatiques ? Et qu'est-ce que l'énorme dôme d'énergie... au cœur d'Unys ?