Dix-sept ans après son départ des bains de Yubaba, Chihiro a tout oublié de ce monde dans lequel elle est tombée par hasard et a fait des rencontres qui restent gravées dans son cœur. À dix-sept ans donc, elle est rappelée par ce monde caché et la jeune fille découvre alors que Zeniba, Sans-Visage et son amour d'enfance, Haku, ont disparu. La vielle Yubaba, elle, est aussi portée disparue, et les bains sont à présent gérés par son frère jumeau, Aliba. Pendant que Chihiro retrouve ses souvenirs, elle part seule à la recherche de ses amis mais Aliba ne compte pas la laisser faire.