Dans la ville futuriste d'Illumis, un projet vise à unir humains et Pokémon. Mais derrière cette harmonie, un mystérieux pouvoir nommé Z commence à se réveiller. Lilly, une jeune dresseuse se retrouve entraîné dans un conflit entre ceux qui veulent protéger ce pouvoir... et ceux qui veulent l'utiliser pour changer le monde. Entre combats, secrets et révélations, elle devra découvrir la vérité cachée derrière la ville... avant qu'il ne soit trop tard.