En un pequeño pueblo llamado Merrey, donde el invierno parece no tener fin, los habitantes comienzan a desaparecer sin explicación. Creyendo que se trata de algún animal salvaje de los que habitan el bosque -ese bosque que todos temen visitar-, los aldeanos organizan una búsqueda desesperada. Pero los únicos más cerca de encontrar lo que está pasando en el pueblo, sería un grupo de adolescentes.

La Central de Viajeros es el lugar donde personas de todo tipo aceptan misiones imposibles a cambio de dinero, fama... O de oportunidad para conocerse. Para Aoto Kanagawa, significa algo mucho más importante: la posibilidad de encontrar pistas sobre el paradero de su padre desaparecido. Entre trabajos peligrosos, conflictos criminales y compañeros que poco a poco transforman su vida, Aoto comenzará a construir vínculos que jamás esperó encontrar, personas tan únicas que empezaron a darle mas color a su vida. Pero mientras el equipo se acerca más entre sí, también comienza a acercarse a una verdad capaz de cambiarlo todo. Porque algunas misiones dejan heridas que jamás permiten volver a ser la misma persona. Sapphire Utopia α tendrá un ritmo de publicación por tandas. A partir del capítulo 37, la historia continuará con publicaciones individuales.