En un mundo donde los omegas son vistos como frágiles y dependientes, Senku Ishigami está decidido a demostrar lo contrario. Tras despertar en el Mundo de Piedra miles de años después de la petrificación de la humanidad, Senku dedica su vida a reconstruir la ciencia y encontrar una forma de salvar a la humanidad. Sin embargo, para poder trabajar sin que sus instintos se interpongan en su camino, crea sus propios inhibidores utilizando plantas del nuevo mundo y oculta su verdadera naturaleza, haciéndose pasar por beta. Todo parece ir según sus planes... hasta que revive a Tsukasa Shishio, el primate más fuerte de la preparatoria. Mientras el Reino de la Ciencia comienza a crecer y el sueño de alcanzar el espacio se vuelve cada vez más real, Senku hará todo lo posible por demostrar que un omega puede cambiar el mundo con sus propias manos. Aunque para lograrlo tenga que cargar con más de un secreto.