Tras un intento de detener al Dr. Eggman, Sonic despierta en un mundo de fantasía, donde los ponis parlantes y los elementos de la armonía son cosa de todos los días. En este nuevo mundo, el erizo azul conocerá a nuevas amigas y formidables enemigos. Pero sus aventuras no se limitan a un solo mundo. Sonic y los ponis deberán viajar entre dimensiones y detener los males que acechan para salvar la realidad tal y como la conocemos.