1 an a passé depuis que Laura, Morgane, Axel et Robin sont devenus de redoutables et irresponsables agents secrets dotés de super-pouvoirs super nuls. Devenus Miss Fruit, Flower Girl, Egg Shot et Captain Chantilly, ils affrontent les plus dangereux criminels pour le compte de la P.H.I.L.O., une agence secrète très secrète qui s'efforce de maintenir la paix sur Terre. Mais alors qu'ils pensaient avoir tout vu, un nouvel ennemi fait face et pourrait bien mettre à terre la renommée "Team Philo"... L'avenir du monde dépend d'eux, mais seront-ils capables de se sortir les doigts du cul ?

Laura, Morgane, Axel et Robin sont 4 élèves ordinaires d'un petit lycée non loin de Bordeaux. Un jour, ils découvrent par hasard une ancienne base secrète abandonnée d'une agence d'espionnage, la P.H.I.L.O., la Puissante et Hérétique Institution des Lois Oblamiques. Là-bas, ils prennent connaissance d'une affaire non résolue vieille de 20 ans impliquant leur lycée et ceux qui en font partie. Ils décident alors de s'en charger eux-mêmes, au péril de leur vie... et de celles des autres.