XANA è stato sconfitto, e con lui, il supercomputer è stato spento, segno che Jeremy, Aelita, Yumi, Ulrich, Odd e William, possono continuare con le proprie vite senza preoccupazioni. A distanza di un anno, una strana epidemia sta contagiando molte persone, iniziando dalla Kadic. Ciò fa riflettere i nostri guerrieri, e con Jeremy fuori gioco, dovranno riaccendere il supercomputer e affidarsi alla fortuna.

AVVISO: La storia è stata scritta nel 2015 e va assolutamente riscritta. La sto ripubblicando su EFP. Consiglio di usare quella piattaforma per i capitoli revisionati) [Nel primo capitolo è presente la trama di Code Lyoko, per chi non lo conosce ma vorrebbe leggere la storia] Ormai al Kadic le cose sembrano tornate normali e i Guerrieri Lyoko possono sentirsi ragazzi come tutti. Sono passati mesi da quando, per l'ennesima volta, hanno messo al tappeto XANA, l'intelligenza artificiale che minacciava di distruggere il pianeta. Col sacrificio di una persona molto cara ad Aelita, pare che questa volta il virus sia stato definitivamente distrutto. Ma nulla al Kadic è mai come sembra: intrecciando le forze con un altro scheletro nell'armadio che Aelita ha sepolto nel passato, la minaccia è tornata, rendendo di nuovo gli studenti necessari per contrastarla. E questa volta la prova sarà dura, specialmente per i loro sentimenti.